Le Comité d'Éthique est un organe indépendant institué par l'article 34 de la Charte de Genève. Il est composé de cinq membres nommés par l'Assemblée des États parmi des personnalités reconnues pour leur intégrité morale et leur expertise en matière de déontologie, de droit international et de gouvernance institutionnelle.
Sa mission fondamentale est de veiller à ce que l'ensemble des activités du FIRPCAM — de l'instruction des dossiers aux versements financiers, en passant par les expertises scientifiques — se déroulent dans le respect absolu des principes éthiques inscrits dans la Charte de Genève et le Code de conduite de l'organisation.
Le Comité d'Éthique dispose de pouvoirs d'enquête étendus et peut s'auto-saisir de toute situation susceptible de porter atteinte à l'intégrité de l'organisation. Ses recommandations sont contraignantes et doivent être mises en oeuvre par la Direction Générale dans un délai de 30 jours.