Le Comité Scientifique est l'organe de validation académique et technique du FIRPCAM. Composé de huit experts internationaux nommés par le Conseil d'Administration sur proposition du Directeur Général, il est chargé d'évaluer l'authenticité, l'importance patrimoniale et la valeur des collections soumises au programme de rémunération.
Le Comité Scientifique jouit d'une indépendance totale dans l'exercice de ses fonctions. Ni le Directeur Général, ni le Conseil d'Administration, ni aucun État membre ne peuvent interférer dans ses décisions d'expertise. Cette indépendance est la pierre angulaire de la crédibilité du FIRPCAM sur la scène internationale.
Le Comité se réunit en session plénière six fois par an et peut constituer des sous-comités spécialisés pour l'examen de dossiers particulièrement complexes. Chaque certification requiert l'avis favorable d'au moins cinq des huit membres.